Druga z najbardziej popularnych chorób odkleszczowych jest chorobą o dwufazowym, ale bardzo ostrym przebiegu. Jest nią wirusowe zapalenie mózgu, oznaczane również skrótem KZM. Wywoływana jest przez wirusa Flaviviridae. Uważana jest za najgroźniejszą chorobę wirusową pochodzenia kleszczowego. Powoduje ona bowiem zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych oraz zapalenie mózgu.

U części zakażonych osób choroba może mieć początkowo łagodny przebieg, który bywa wprost nierozpoznawalny. Diagnoza chorobowa może być postawiona jedynie na podstawie badania krwi.W przypadku poważnego zakażenia choroba ma przebieg dwufazowy. Pierwsza faza pojawia się między czwartym a siedemnastym dniem od ukłucia, a objawy są podobne do przebiegu grypy.

Zauważamy więc podwyższoną temperaturę, złe samopoczucie, ból głowy, mięśni i stawów, czasem pojawiają się również nudności oraz wymioty. Zdarza się, iż bagatelizujemy tego typu objawy, gdyż uspakajamy się, że to tylko chwilowa grypa. Bagatelizowanie poważniejszych objawów może być bardzo niebezpieczne. Po paru dniach mamy do czynienia ze stanem pozornego wyzdrowienia.

Po takiej przerwie chorobowej pojawiają się wysokie gorączki, silne bóle i zawroty głowy, światłowstręt, sztywność karku, zaburzenia świadomości i chwilowe utraty przytomności. Zauważamy również drgawki i porażenia nerwów. W płynie mózgowo-rdzeniowym pojawiają się zapalenia, które są niezmiernie groźnymi objawami drugiej fazy KZM. W tym momencie jedyną nadzieją chorego człowieka jest natychmiastowa i właściwa interwencja lekarza oraz hospitalizacja.

Jeżeli choroba dojdzie tak daleko, iż pojawi się zapalenie ośrodkowego układu nerwowego, nie jest już możliwe leczenie przyczynowe. Wchodzi tutaj w grę jedynie łagodzenie objawów, co może być bardzo trudne i męczące. Czasem obserwujemy następstwa pochorobowe, którymi mogą być niedowłady kończyn lub zanik mięśni. Aż dwa procenta przypadków zakażenia KZM kończą się śmiercią.